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Con el fin de consolidar la CTCI asociativa en el país, fortalecer el sistema de Centros de Excelencia y lograr un mayor impacto, mejorando su gestión, aprovechando sus posibilidades de crecimiento, impulsando su visibilidad, haciendo más eficiente la coordinación entre ellos y tomando en consideración estas reflexiones previas, el Ministerio de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación ha elaborado un Plan Nacional de Centros de Excelencia. Este Plan se concibe como un esfuerzo continuo de mejoramiento de la investigación asociativa en base a Centros en Chile el cual se basa en 5 principios: Excelencia y capacidad de adaptación, Asociatividad, Diversidad, Evolución y Vinculación.

En respuesta a la ejecución adecuada de este Plan, la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID) ha conformado la Subdirección de Centros la cual busca coordinar los instrumentos responsables de financiar Centros de Investigación de manera de hacer un uso óptimo de los recursos públicos encargados para ese fin, establecer normativas claras y compartidas por todos los Centros y apoyar esta manera de hacer ciencia colaborativa.

En el marco del Plan de Centros la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID) llama a la presentación de propuestas de Planes de Desarrollo y Propuestas de Planes de Continuidad de Centros Científicos y Tecnológicos de Excelencia para optar a su Financiamiento Basal.